ngs-analysis Codex プラグイン
Codex プラグインCodex教育・研究Web 検索・リサーチ・学習データエンジニアリング・分析AI エージェント・AI アプリ開発以下の解説は生成 AI によるものです。出典と照らし合わせてご確認ください。
ngs-analysisはOpenAIが提供するCodex向けプラグインで、BCLやFASTQファイルの受け入れから、公開パイプラインまたは対応するローカル実行への振り分けまでを案内します。READMEによると、BCLデマルチプレックス、FASTQ品質管理、DNA変異検出(germline・somatic・UMIパネル)、バルクRNA-seqの定量と発現差解析、シングルセルRNA-seq、ATAC-seqやChIP-seqなどのエピジェネティクス解析、アンプリコンマイクロバイオーム、ショットガンメタゲノミクスに対応する個別スキルが含まれています。インストール前にローカル環境の既存ツールを確認し、nf-core、FastQC、Salmon、GATKなど公開・無償で利用できるパッケージを優先します。ローカル実行が成功すると、タイムスタンプ付きの出力フォルダにバリデーション記録・ログ・マニフェスト・QCサマリー・チェックサム付きアーティファクト一覧が生成されます。plugin.jsonの記載では、ライセンスはMITで、カテゴリはEducation & Researchに区分されています。
ngs-analysis でできること
- BCLやFASTQ、マトリクスなど手元のデータに応じて、アッセイ別の質問から適切な解析ルートを選択できます
- FASTQ QC、バルクRNA-seqの定量・発現差解析、シングルセル処理、DNA変異検出のローカル実行レーンが用意されています
- ローカルに必要なツールが揃っているか確認し、インストール前に確認可能なインストール計画を作成します
- sarek、rnaseq、scrnaseq、atacseq、chipseq、ampliseq、taxprofilerなどnf-coreの公開パイプラインへ処理を委ねられます
- ngs_reference_manager.pyのlist・check・plan・lock・verify-lockなどのコマンドで参照配列やデータベースの準備状況を管理できます
- 実行後に生成されるマニフェストやログ、QCレポート、可視化バンドルで結果を確認できます