ngs-analysis Codex プラグイン
プラグイン Codex 教育・研究 データエンジニアリング・分析AI エージェント・AI アプリ開発Claude Code 拡張・ワークフロー以下の解説は生成 AI によるものです。出典と照らし合わせてご確認ください。
ngs-analysis は OpenAI による Codex プラグイン(バージョン1.0.3)で、BCL、FASTQ、DNAバリアント解析、RNA-seq、シングルセル、エピゲノミクス、アンプリコン、メタゲノミクス解析を対象に、ガイド付きのインテーク、ルーティング、ローカル実行を提供します。plugin.json および README によると、ローカルのシーケンシング入力を先に確認したうえでアッセイ固有の必要最小限の質問のみを行い、インストールを提案する前に既存ツールの有無をチェックし、可能な場合は公開ツールや nf-core ワークフローを優先します。ngs-analysis-router、ngs-fastq-qc、ngs-dna-germline-variants、ngs-bulk-rnaseq-counts-qc、ngs-scrna-seq、ngs-shotgun-metagenomics など18のスキルを含み、実行ごとに標準化されたランマニフェスト、検証レポート、ログ、QCサマリー、チェックサム付きアーティファクトインデックスを出力するローカル実行スクリプト群を備えています。README では成熟度が「意図的に混在している(intentionally mixed maturity)」と説明されており、FASTQ QC、バルクRNA-seqのカウント/QCと発現解析、scRNA-seqのFASTQからカウント生成とカウント後QC、汎用/ジャームラインDNAバリアント解析、エピゲノミクス/アンプリコン/ショットガンのFASTQ QC、BCLからFASTQへの変換はローカルで実行される一方、その他のレーンは nf-core/sarek など公開パイプラインへの引き渡しを担うディスパッチャーとして機能します。加えて nf-core アダプターと、実行前に必要なゲノム・データベースバンドルを確認・計画する ngs_reference_manager.py も含まれています。
概要
ngs-analysis はホスト型の SaaS ではありません。ソースによると、マーケットプレイスのルート構成(.agents/plugins/marketplace.json と plugins/ngs-analysis/)として配布される Codex プラグインパッケージであり、利用者がローカルの Codex マーケットプレイスエントリとしてインストールしたうえで、名前や同梱スキルの参照によって呼び出す形態です。
ngs-analysis でできること
- ローカルのBCL/FASTQファイルやカウント行列を確認し、不足しているアッセイ固有の質問のみを行ってから適切なワークフローへルーティングする
- FASTQ QC(FastQC/MultiQC/トリミング)、バルクRNA-seqのカウント/QC(Salmon)と発現解析(DESeq2/edgeR/limma)、scRNA-seqのFASTQからカウント生成(STARsolo)とカウント後QC(scanpyベース)、汎用/ジャームラインDNAバリアントコーリング(samtools/bcftools/GATK)、BCLからFASTQへの変換(bcl-convert/bcl2fastq)をローカルで実行する
- エピゲノミクス(ATAC-seq、ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag)、アンプリコンマイクロバイオーム(16S/18S/ITS/COI、QIIME2またはDADA2)、ショットガンメタゲノミクス(Kraken2/Bracken/HUMAnN)向けのFASTQ検証・QCパッケージを利用する
- プリフライトスクリプト(ngs_preflight.py)でPATH上のツール有無を確認し、必要に応じてパッケージインデックス/レジストリを問い合わせ、明示的な承認がない限りインストールを実行せずレビュー用のインストール計画を生成する
- ngs_reference_manager.py(list、check、plan、setup-plan、inventory、lock、verify-lock)で参照配列・データベースの準備状況を確認・計画する
- 専用アダプターを介してピ��留めされたNextflowコマンドを生成し、rnaseq、scrnaseq、sarek、atacseq、chipseq、cutandrun、ampliseq、taxprofilerなど公開のnf-coreパイプラインへ本格的なワークフローを引き渡す
- 各実行についてランマニフェスト、検証サマリー、ログ、QCレポート、チェックサム付きアーティファクトインデックス、可視化バンドルという標準化された出力を受け取る
出典
原文の説明（英語）
Guided NGS intake, local execution, and public-pipeline routing for BCL, FASTQ, DNA variant, RNA-seq, single-cell, epigenomics, amplicon, and metagenomics analyses, with deeper decision skills for high-risk assay branches.
ngs-analysis の変更履歴
- Codex プラグイン ngs-analysis を追加